L'équipe de Direction s'occupe des opérations quotidiennes de l'organisation et représente les différentes composantes du Secrétariat. Elle comprend les directeurs régionaux.

Les membres de l'équipe dirigeante des directeurs ont une expérience considérable dans leurs disciplines respectives, appliquée au secteur de la santé sexuelle et reproductive. La plupart ont travaillé pour des organisations non gouvernementales à but non lucratif ou du secteur privé. Ils fournissent à l'IPPF une plateforme de compétences de leadership solides et éprouvées.